Контраст в ЗПЕМ обумовлений розсіюванням електронів при проходженні електронного пучка через зразок. Якщо зразок досить тонкий, то частка розсіяних електронів невелика. При проходженні електронів через зразок одні з них розсіюються через зіткнення з ядрами атомів зразка, інші – через зіткнення з електронами атомів, а треті проходять, не перетерплюючи розсіювання. Ступінь розсіювання в якій-небудь області зразка залежить від товщини зразка в цій області, його щільності і середньої атомної маси (числа протонів) у даній крапці. Електрони, що виходять з діафрагми з кутовим відхиленням, що перевищує деяку межу, уже не можуть повернутися в пучок, що несе зображення, а тому що сильно розсіюють ділянки підвищеної щільності, збільшеної товщини, місця розташування важких атомів виглядають на зображенні як темні зони на світлому тлі. Таке зображення називається світлопольним, оскільки на ньому навколишнє поле світліше об'єкта. Але можна зробити так, щоб електрична система, що відхиляє, пропускала в діафрагму об'єктива тільки ті чи інші з розсіяних електронів. Тоді зразок виглядає світлим на темному полі. Слабко розсіюючий об'єкт часто буває зручніше розглядати в режимі темного поля.

Остаточне збільшене електронне зображення перетвориться у видиме за допомогою люмінесцентного екрана, що світиться під дією електронного бомбардування. Це зображення, звичайно слабоконтрастне, як правило, розглядають через бінокулярний світловий мікроскоп. При тій же яскравості такий мікроскоп зі збільшенням 10 може створювати на сітківці ока зображення, у 10 разів більш велике, чим при спостереженні неозброєним оком. Іноді для підвищення яскравості слабкого зображення застосовується люмінофорний екран з електронно-оптичним перетворювачем. У цьому випадку остаточне зображення може бути виведене на звичайний телевізійний екран, що дозволяє записати його на відеоплівку. Відеозапис застосовується для реєстрації зображень, що міняються в часі, наприклад, у зв'язку з протіканням хімічної реакції. Найчастіше остаточне зображення реєструється на фотоплівці чи фотопластинці. Фотопластинка звичайно дозволяє одержати більш чітке зображення, ніж спостерігач простим оком чи записане на відеоплівці, тому що фотоматеріали, узагалі говорячи, більш ефективно реєструють електрони. Крім того, на одиниці площі фотоплівки може бути зареєстроване в 100 разів більше сигналів, ніж на одиниці площі відеоплівки. Завдяки цьому зображення, зареєстроване на фотоплівці, можна додатково збільшити приблизно в 10 разів без утрати чіткості.