Електронні пучки мають властивості, аналогічні властивостям світлових пучків. Зокрема, кожен електрон характеризується визначеною довжиною хвилі. Дозволяюча здатність ЕМ визначається ефективною довжиною хвилі електронів. Довжина хвилі залежить від швидкості електронів, а отже, від напруги, що прискорює; чим більше прискорює напруга, тим більше швидкість електронів і тим менше довжина хвилі, а виходить, вище дозволяюча здатність. Настільки значна перевага ЕМ у дозволяюча здатність порозумівається тим, що довжина хвилі електронів набагато менше довжини хвилі світла. Але оскільки електронні лінзи не так добре фокусують, як оптичні (числова апертура гарної електронної лінзи складає усього лише 0,09, тоді як для гарного оптичного об'єктива ця величина досягає 0,95), дозволяюча здатність ЕМ дорівнює 50–100 довжинам хвиль електронів. Навіть з настільки слабкими лінзами в електронному мікроскопі можна одержати межа дозволу біля 0,17 нм, що дозволяє розрізняти окремі атоми в кристалах. Для досягнення дозволяючої здатності такого порядку необхідне дуже ретельне настроювання приладу; зокрема, вимагаються высокостабільні джерела живлення, а сам прилад (який може бути висотою біля 2,5 м і мати масу в кілька тонн) і його додаткове устаткування вимагає монтажу, що виключає вібрацію.